Passagerarfärjan som förliste den 28:e september 1994 byggdes 1979-1980 i Tyskland för Viking Line. Därefter användes hon av Silja och Wasa innan hon i februari 1993 målades om i Estlines färger och sattes in på linjen Stockholm-Tallin. Hon hade 9 däck och var byggd för 2000 passagerare med en längd på 155,4 meter och bredd på 24,2 meter. Vid olyckstillfälle befann sig ca 1000 personer ombord (den exakta siffran är okänd).

Enligt den slutrapport som Statens haverikommission presenterade 1997 orsakades förlisningen av att bogvisiret i fören lossnade, vilket gjorde att fartyget snabbt tog in vatten i det hårda vädret vid olyckstillfället. Visirets gångjärn och låsanordningar var för klent dimensionerade för att stå emot krafterna från vågorna. Kommissionen fann att ingen av parterna (varvet, klassningssällskapet, sjöfartsmyndigheterna) betraktat visirets fästen och lås på Estonia som avgörande för fartygets säkerhet. Notera dock att Statens haverikommission har som uppdrag att undersöka olyckor och tillbud i syfte att säkerheten ska förbättras, inte att hantera frågor om skuld eller ansvar.

Andra fartyg hade liknande fästen då regelverket inte anpassats till att passagerarfärjorna ökat i storlek på Östersjön under de föregående decennierna. Flera bogvisirtillbud hade dock tidigare inträffat på fartyg som byggts för färjetrafiken mellan Sverige och Finland. Ett av de fartygen var Estonias systerfartyg M/S Diana II som drabbats tidigare samma år. Trots det hade det inte lett till någon åtgärd för att förstärka bogvisiret.

Haverikommissionens slutsats var att bogvisiret var den avgörande orsaken till förlisningen kritiserades 2006 av en estnisk expertgrupp, som menade att de hårda smällar som vittnen hörts på fartyget inte utretts ordentligt.

Nya fynd och nya haverikommission 2020

I dokumentären "Estonia – fyndet som ändrar allt" (Discovery+) som kom 2020 avslöjades att man vid dykningar upptäckt ett fyra meter långt och ett drygt en meter stort hål på färjans sida. I dokumentären framfördes olika overifierade teorier om vad som hade hänt, däribland att fartyget kan ha kolliderat med en ubåt. Några av dessa teorier påminde mycket om konspirationsteorier.